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Support #2378

error at linkage

Added by Clément Moissard almost 4 years ago. Updated over 3 years ago.

Status:
Closed
Priority:
Normal
Assignee:
-
Category:
-
Start date:
28/11/2017
Due date:
% Done:

100%

Estimated time:
revision:
r0

Description

[moissard@zoidberg LathysNEW]$ module avail

------------------------ /usr/share/Modules/modulefiles ------------------------
dot module-git module-info modules null use.own

------------------------------- /etc/modulefiles -------------------------------
blas/3.7.0 mpich/3.1.3
cube/4.3.4 mvapich/2.2
fftw/3.3.4 netcdf/4.4.1.1
fgsl/1.1.0 netcdf-fortran/4.4.4
gnuplot/5.0.3 netcdf-intel-fortran/4.4.4
gsl/2.1 openBLAS/0.2.19
hdf5/1.10.1 openmpi/1.10.2
hdf5/1.8.17 openmpi/2.1.1
hypre/2.11.1 pastix/5.2.3
intel/compiler/2015.1.133 petsc/3.7.4
intel/compiler/2016.0.109 scalasca/2.3.1
intel/compiler/2017.0.098 scorep/3.0
mpi/openmpi-x86_64 scotch/6.0.3
[moissard@zoidberg LathysNEW]$ module load netcdf/4.4.1.1
[moissard@zoidberg LathysNEW]$ module load netcdf-intel-fortran/4.4.4
[moissard@zoidberg LathysNEW]$ module load intel/compiler/2017.0.098
[moissard@zoidberg LathysNEW]$ make clean
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects; rm -f .mod *.o *.oo
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects/80_
; rm -f .o *.oo
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects/IMPEX_
; rm -f .o *.oo

cd ; rm -f *.mod

rm -f quiet_plasma diag diag_IMPEX diag_SPUTTERING interpole_fields getFieldLine interpole_spectra
Makefile:290: recipe for target 'clean' failed
make: *
* [clean] Error 127
[moissard@zoidberg LathysNEW]$ make
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_basis.F90 -o defs_basis.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_mpitype.F90 -o defs_mpitype.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_parametre.F90 -o defs_parametre.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/m_writeout.F90 -o m_writeout.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_counts_types.F90 -o defs_counts_types.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_diag_type.F90 -o defs_diag_type.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_basic_cdf.F90 -o defs_basic_cdf.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_species.F90 -o defs_species.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_particletype.F90 -o defs_particletype.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_tregister.F90 -o defs_tregister.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_arr3Dtype.F90 -o defs_arr3Dtype.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_variable.F90 -o defs_variable.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_grid.F90 -o defs_grid.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_atmospheretype.F90 -o defs_atmospheretype.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/m_logo.F90 -o m_logo.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/m_timing.F90 -o m_timing.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/m_cmdline.F90 -o m_cmdline.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/m_rand_gen.F90 -o m_rand_gen.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/time_variation.F90 -o time_variation.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/atm_photoproduction.F90 -o atm_photoproduction.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/atm_ionosphere.F90 -o atm_ionosphere.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/atm_charge_exchange.F90 -o atm_charge_exchange.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/atm_sections_efficaces.F90 -o atm_sections_efficaces.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/atm_magnetic_fields.F90 -o atm_magnetic_fields.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/atm_external_atmosphere.F90 -o atm_external_atmosphere.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/env_mars_FSU90.F90 -o env_mars_FSU90.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/env_mars.F90 -o env_mars.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/env_mars_try.F90 -o env_mars_try.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/env_mercure.F90 -o env_mercure.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/env_moon.F90 -o env_moon.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/env_ganymede.F90 -o env_ganymede.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/env_titan.F90 -o env_titan.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/env_shock_CME.F90 -o env_shock_CME.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/environment.F90 -o environment.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/field_cond_limit.F90 -o field_cond_limit.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/field_lissage.F90 -o field_lissage.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/field_pe.F90 -o field_pe.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/field_b.F90 -o field_b.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/field_e.F90 -o field_e.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/field.F90 -o field.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_wrt_common_cdf.F90 -o diag_wrt_common_cdf.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_flux_part_imp.F90 -o diag_flux_part_imp.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/m_distribution_function.F90 -o m_distribution_function.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/particle_sort.F90 -o particle_sort.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/part_moment.F90 -o part_moment.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/particle_fluxes.F90 -o particle_fluxes.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/particle_init.F90 -o particle_init.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/particle_creation.F90 -o particle_creation.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/particle_com.F90 -o particle_com.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/particle.F90 -o particle.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_energy.F90 -o diag_energy.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_fields.F90 -o diag_fields.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_iono.F90 -o diag_iono.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_prod.F90 -o diag_prod.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_particles.F90 -o diag_particles.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_tm_results.F90 -o diag_tm_results.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_moment_species.F90 -o diag_moment_species.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diagnostique.F90 -o diagnostique.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/initialisation.F90 -o initialisation.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/m_restart.F90 -o m_restart.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/time_schedule.F90 -o time_schedule.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_impex_xml.F90 -o diag_impex_xml.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/hyb_3d.F90 -o hyb_3d.o
cd /home/moissard/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -o quiet_plasma defs_basis.o defs_mpitype.o defs_parametre.o m_writeout.o defs_counts_types.o defs_diag_type.o defs_basic_cdf.o defs_species.o defs_particletype.o defs_tregister.o defs_arr3Dtype.o defs_variable.o defs_grid.o defs_atmospheretype.o m_logo.o m_timing.o m_cmdline.o m_rand_gen.o time_variation.o atm_photoproduction.o atm_ionosphere.o atm_charge_exchange.o atm_sections_efficaces.o atm_magnetic_fields.o atm_external_atmosphere.o env_mars_FSU90.o env_mars.o env_mars_try.o env_mercure.o env_moon.o env_ganymede.o env_titan.o env_shock_CME.o environment.o field_cond_limit.o field_lissage.o field_pe.o field_b.o field_e.o field.o diag_wrt_common_cdf.o diag_flux_part_imp.o m_distribution_function.o particle_sort.o part_moment.o particle_fluxes.o particle_init.o particle_creation.o particle_com.o particle.o diag_energy.o diag_fields.o diag_iono.o diag_prod.o diag_particles.o diag_tm_results.o diag_moment_species.o diagnostique.o initialisation.o m_restart.o time_schedule.o diag_impex_xml.o hyb_3d.o -L/opt/netcdf/4.4.1.1/lib/ -lnetcdf -L/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/lib/ -lnetcdff
/opt/hdf5/1.10.1/lib/libhdf5.so.101: référence indéfinie vers « ompi_mpi_op_sum »
/opt/hdf5/1.10.1/lib/libhdf5.so.101: référence indéfinie vers « ompi_mpi_byte »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « ompi_mpi_char »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « ompi_mpi_comm_world »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « ompi_mpi_op_max »
/opt/hdf5/1.10.1/lib/libhdf5.so.101: référence indéfinie vers « ompi_mpi_unsigned »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « ompi_mpi_op_bor »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « MPI_Info_f2c »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « ompi_mpi_comm_null »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « ompi_mpi_int »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « MPI_Comm_f2c »
/opt/hdf5/1.10.1/lib/libhdf5.so.101: référence indéfinie vers « OMPI_C_MPI_NULL_COPY_FN »
/opt/hdf5/1.10.1/lib/libhdf5.so.101: référence indéfinie vers « ompi_mpi_datatype_null »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « ompi_mpi_info_null »
/opt/hdf5/1.10.1/lib/libhdf5.so.101: référence indéfinie vers « ompi_mpi_comm_self »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « ompi_mpi_unsigned_long_long »
Makefile:227: recipe for target 'quiet_plasma' failed
make: *** [quiet_plasma] Error 1

Makefile (7.4 KB) Makefile Clément Moissard, 01/12/2017 03:22 PM
Makefile (7.49 KB) Makefile Nicolas marsac, 01/12/2017 05:32 PM

History

#1 Updated by Nicolas marsac almost 4 years ago

  • Status changed from New to In Progress

Après avoir rajouté -Bstatic dans le make file sur les conseils de Nico :

quiet_plasma: compo_0 compo_1 compo_2 compo_3 compo_4
cd $(OBJ_DIR) ;\
$(FC) $(FFLAGS) -o $@ $(OBJECTS) -L$(LIB_CDFn) -lnetcdf -L$(LIB_CDF) -lnetcdff -Bstatic
@mv $(OBJ_DIR)/quiet_plasma $(HERE)/. 2> /dev/null

Changement d'erreur :

[adminlpp@zoidberg LathysNEW]$ make
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_basis.F90 -o defs_basis.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_mpitype.F90 -o defs_mpitype.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_parametre.F90 -o defs_parametre.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/m_writeout.F90 -o m_writeout.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_counts_types.F90 -o defs_counts_types.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_diag_type.F90 -o defs_diag_type.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_basic_cdf.F90 -o defs_basic_cdf.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_species.F90 -o defs_species.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_particletype.F90 -o defs_particletype.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_tregister.F90 -o defs_tregister.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_arr3Dtype.F90 -o defs_arr3Dtype.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_variable.F90 -o defs_variable.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_grid.F90 -o defs_grid.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/defs_atmospheretype.F90 -o defs_atmospheretype.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/m_logo.F90 -o m_logo.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/m_timing.F90 -o m_timing.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/m_cmdline.F90 -o m_cmdline.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/m_rand_gen.F90 -o m_rand_gen.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/time_variation.F90 -o time_variation.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/atm_photoproduction.F90 -o atm_photoproduction.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/atm_ionosphere.F90 -o atm_ionosphere.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/atm_charge_exchange.F90 -o atm_charge_exchange.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/atm_sections_efficaces.F90 -o atm_sections_efficaces.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/atm_magnetic_fields.F90 -o atm_magnetic_fields.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/atm_external_atmosphere.F90 -o atm_external_atmosphere.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/env_mars_FSU90.F90 -o env_mars_FSU90.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/env_mars.F90 -o env_mars.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/env_mars_try.F90 -o env_mars_try.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/env_mercure.F90 -o env_mercure.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/env_moon.F90 -o env_moon.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/env_ganymede.F90 -o env_ganymede.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/env_titan.F90 -o env_titan.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/env_shock_CME.F90 -o env_shock_CME.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/environment.F90 -o environment.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/field_cond_limit.F90 -o field_cond_limit.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/field_lissage.F90 -o field_lissage.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/field_pe.F90 -o field_pe.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/field_b.F90 -o field_b.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/field_e.F90 -o field_e.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/field.F90 -o field.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_wrt_common_cdf.F90 -o diag_wrt_common_cdf.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_flux_part_imp.F90 -o diag_flux_part_imp.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/m_distribution_function.F90 -o m_distribution_function.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/particle_sort.F90 -o particle_sort.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/part_moment.F90 -o part_moment.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/particle_fluxes.F90 -o particle_fluxes.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/particle_init.F90 -o particle_init.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/particle_creation.F90 -o particle_creation.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/particle_com.F90 -o particle_com.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/particle.F90 -o particle.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_energy.F90 -o diag_energy.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_fields.F90 -o diag_fields.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_iono.F90 -o diag_iono.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_prod.F90 -o diag_prod.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_particles.F90 -o diag_particles.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_tm_results.F90 -o diag_tm_results.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_moment_species.F90 -o diag_moment_species.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diagnostique.F90 -o diagnostique.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/initialisation.F90 -o initialisation.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/m_restart.F90 -o m_restart.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/time_schedule.F90 -o time_schedule.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/diag_impex_xml.F90 -o diag_impex_xml.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -I/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/include/ -I/home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src -c /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/src/hyb_3d.F90 -o hyb_3d.o
cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -o quiet_plasma defs_basis.o defs_mpitype.o defs_parametre.o m_writeout.o defs_counts_types.o defs_diag_type.o defs_basic_cdf.o defs_species.o defs_particletype.o defs_tregister.o defs_arr3Dtype.o defs_variable.o defs_grid.o defs_atmospheretype.o m_logo.o m_timing.o m_cmdline.o m_rand_gen.o time_variation.o atm_photoproduction.o atm_ionosphere.o atm_charge_exchange.o atm_sections_efficaces.o atm_magnetic_fields.o atm_external_atmosphere.o env_mars_FSU90.o env_mars.o env_mars_try.o env_mercure.o env_moon.o env_ganymede.o env_titan.o env_shock_CME.o environment.o field_cond_limit.o field_lissage.o field_pe.o field_b.o field_e.o field.o diag_wrt_common_cdf.o diag_flux_part_imp.o m_distribution_function.o particle_sort.o part_moment.o particle_fluxes.o particle_init.o particle_creation.o particle_com.o particle.o diag_energy.o diag_fields.o diag_iono.o diag_prod.o diag_particles.o diag_tm_results.o diag_moment_species.o diagnostique.o initialisation.o m_restart.o time_schedule.o diag_impex_xml.o hyb_3d.o -L/opt/netcdf/4.4.1.1/lib/ -lnetcdf -L/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/lib/ -lnetcdff -Bstatic
ld: ne peut trouver -ldl
ld: ne peut trouver -lrt
ld: ne peut trouver -lpthread
Makefile:227: recipe for target 'quiet_plasma' failed
make: *** [quiet_plasma] Error 1

Libraries Static glibc à installer sur le système ?

#2 Updated by Nicolas marsac almost 4 years ago

dnf repoquery -l glibc-static

usr/lib/libBrokenLocale.a
/usr/lib/libanl.a
/usr/lib/libc.a
/usr/lib/libc_stubs.a
/usr/lib/libcrypt.a
/usr/lib/libdl.a
/usr/lib/libm.a
/usr/lib/libnsl.a
/usr/lib/libpthread.a
/usr/lib/libresolv.a
/usr/lib/librt.a
/usr/lib/libutil.a
/usr/lib64/libBrokenLocale.a
/usr/lib64/libanl.a
/usr/lib64/libc.a
/usr/lib64/libc_stubs.a
/usr/lib64/libcrypt.a
/usr/lib64/libdl.a
/usr/lib64/libm.a
/usr/lib64/libmvec.a
/usr/lib64/libnsl.a
/usr/lib64/libpthread.a
/usr/lib64/libresolv.a
/usr/lib64/librt.a
/usr/lib64/libutil.a

#3 Updated by Nicolas marsac almost 4 years ago

Suite à l'installation des libraries static glibc ( dnf install glibc-static ), changement de message d'erreur :

cd /home/adminlpp/LathysNEW_OKifort/LathysNEW/objects ;\
mpiifort -O3 -DHAVE_TIMING -DHAVE_NETCDF -stand f03 -DIntelFortran -DHAVE_NO_PLANET -o quiet_plasma defs_basis.o defs_mpitype.o defs_parametre.o m_writeout.o defs_counts_types.o defs_diag_type.o defs_basic_cdf.o defs_species.o defs_particletype.o defs_tregister.o defs_arr3Dtype.o defs_variable.o defs_grid.o defs_atmospheretype.o m_logo.o m_timing.o m_cmdline.o m_rand_gen.o time_variation.o atm_photoproduction.o atm_ionosphere.o atm_charge_exchange.o atm_sections_efficaces.o atm_magnetic_fields.o atm_external_atmosphere.o env_mars_FSU90.o env_mars.o env_mars_try.o env_mercure.o env_moon.o env_ganymede.o env_titan.o env_shock_CME.o environment.o field_cond_limit.o field_lissage.o field_pe.o field_b.o field_e.o field.o diag_wrt_common_cdf.o diag_flux_part_imp.o m_distribution_function.o particle_sort.o part_moment.o particle_fluxes.o particle_init.o particle_creation.o particle_com.o particle.o diag_energy.o diag_fields.o diag_iono.o diag_prod.o diag_particles.o diag_tm_results.o diag_moment_species.o diagnostique.o initialisation.o m_restart.o time_schedule.o diag_impex_xml.o hyb_3d.o -L/opt/netcdf/4.4.1.1/lib/ -lnetcdf -L/opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4/lib/ -lnetcdff -Bstatic
/opt/intel/2017.0.098/compilers_and_libraries_2017.2.174/linux/mpi/intel64/lib/release_mt/libmpi.a(initthread.o): dans la fonction « MPIR_Init_thread »:
/tmp/mpi.xtmpdir.7b663e0dc22b2304e487307e376dc132.9725_32e/mpi.32e.ww04.20170125/dev/x86_64/release_mt/../../src/mpi/init/initthread.c:424: AVERTISSEMENT: Using 'dlopen' in statically linked applications requires at runtime the shared libraries from the glibc version used for linking
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libdl.a(dlopen.o): dans la fonction « dlopen »:
(.text+0x5): référence indéfinie vers « __dlopen »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libdl.a(dlclose.o): dans la fonction « dlclose »:
(.text+0x1): référence indéfinie vers « __dlclose »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libdl.a(dlsym.o): dans la fonction « dlsym »:
(.text+0x5): référence indéfinie vers « __dlsym »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libdl.a(dlerror.o): dans la fonction « dlerror »:
(.text+0x1): référence indéfinie vers « __dlerror »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libpthread.a(libpthread.o): dans la fonction « __pthread_initialize_minimal »:
(.text+0x1e3): référence indéfinie vers « __libc_setup_tls »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libpthread.a(libpthread.o): dans la fonction « __pthread_initialize_minimal »:
(.text+0x226): référence indéfinie vers « _dl_cpuclock_offset »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libpthread.a(libpthread.o): dans la fonction « __pthread_initialize_minimal »:
(.text+0x3c8): référence indéfinie vers « _dl_pagesize »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libpthread.a(libpthread.o): dans la fonction « __pthread_initialize_minimal »:
(.text+0x42e): référence indéfinie vers « _dl_pagesize »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libpthread.a(libpthread.o): dans la fonction « __pthread_initialize_minimal »:
(.text+0x46b): référence indéfinie vers « _dl_init_static_tls »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libpthread.a(libpthread.o): dans la fonction « __pthread_initialize_minimal »:
(.text+0x476): référence indéfinie vers « _dl_wait_lookup_done »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libpthread.a(libpthread.o): dans la fonction « __pthread_get_minstack »:
(.text+0x4ba): référence indéfinie vers « _dl_pagesize »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libpthread.a(libpthread.o): dans la fonction « pthread_create »:
(.text+0x1dbd): référence indéfinie vers « _dl_stack_flags »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libpthread.a(libpthread.o): dans la fonction « pthread_create »:
(.text+0x2634): référence indéfinie vers « _dl_stack_flags »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libpthread.a(libpthread.o): dans la fonction « pthread_getattr_np »:
(.text+0x355f): référence indéfinie vers « _dl_pagesize »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libpthread.a(libpthread.o): dans la fonction « pthread_getattr_np »:
(.text+0x3666): référence indéfinie vers « _dl_pagesize »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libpthread.a(libpthread.o): dans la fonction « __write_nocancel »:
(.text+0x9c68): référence indéfinie vers « __syscall_error »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libpthread.a(libpthread.o): dans la fonction « __write_nocancel »:
(.text+0x9c9c): référence indéfinie vers « __syscall_error »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libpthread.a(libpthread.o): dans la fonction « __read_nocancel »:
(.text+0x9cc8): référence indéfinie vers « __syscall_error »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libpthread.a(libpthread.o): dans la fonction « __read_nocancel »:
(.text+0x9cfc): référence indéfinie vers « __syscall_error »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libpthread.a(libpthread.o): dans la fonction « __close_nocancel »:
(.text+0x9d28): référence indéfinie vers « __syscall_error »
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/5.3.1/../../../../lib64/libpthread.a(libpthread.o):(.text+0x9d5c): encore plus de références indéfinies suivent vers « __syscall_error »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « ompi_mpi_char »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « ompi_mpi_info_null »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « MPI_Comm_f2c »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « ompi_mpi_int »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « ompi_mpi_comm_null »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « ompi_mpi_op_bor »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « ompi_mpi_op_max »
/opt/hdf5/1.10.1/lib/libhdf5.so.101: référence indéfinie vers « OMPI_C_MPI_NULL_COPY_FN »
/opt/hdf5/1.10.1/lib/libhdf5.so.101: référence indéfinie vers « ompi_mpi_unsigned »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « MPI_Info_f2c »
/opt/hdf5/1.10.1/lib/libhdf5.so.101: référence indéfinie vers « ompi_mpi_datatype_null »
/opt/hdf5/1.10.1/lib/libhdf5.so.101: référence indéfinie vers « ompi_mpi_comm_self »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « ompi_mpi_unsigned_long_long »
/opt/netcdf/4.4.1.1/lib//libnetcdf.so: référence indéfinie vers « ompi_mpi_comm_world »
/opt/hdf5/1.10.1/lib/libhdf5.so.101: référence indéfinie vers « ompi_mpi_op_sum »
/opt/hdf5/1.10.1/lib/libhdf5.so.101: référence indéfinie vers « ompi_mpi_byte »
Makefile:227: recipe for target 'quiet_plasma' failed
make: *** [quiet_plasma] Error 1

#5 Updated by Nicolas marsac almost 4 years ago

Si je fait ça, j'installe netcdf pour le système globalement, c'est pas l'usage sur un cluster, mais possible.
Par contre, je ne vois pas ce que ça changerait au problème de linkage ...
Cette solution serait plutôt à tester localement sur une machine lambda.

Clément : Pourrais tu nous fournir le le Makefile et les modules chargés sur Currie ?

#6 Updated by Clément Moissard almost 4 years ago

Pour commencer, lorsque je me log sur Curie, sont automatiquement loadés les modules suivants :

load module licsrv/standard (License service)
load module c/intel/14.0.3.174 (Intel C compiler)
load module licsrv/intel (License service)
load module c++/intel/14.0.3.174 (Intel C++ compiler)
load module fortran/intel/14.0.3.174 (Intel Fortran compiler)
load module mkl/14.0.3.174 (Intel MKL)
load module idb/14.0.3.174 (Intel Debugger)
load module intel/14.0.3.174 (Intel Compiler Suite)
load module mpi/bullxmpi/1.2.8.4 (bullx MPI)

Je vous envoie le Makefile et les modules utilisés sur Curie dès que je les ai (mail Philippe).

Merci beaucoup !

#7 Updated by Clément Moissard almost 4 years ago

Après les modules automatiques loadés, il n'y en a qu'un à ajouter manuellement :

module load netcdf/3.6.3_p1

Je joins le Makefile utilisé sur Curie. Avec celui-ci, le code compile.
C'est le même que celui utilisé sur Zoidberg à deux exceptions près :

Zoidberg : compiler : mpiifort , libnetcf et libnetcdff sont dans deux librairies différentes
Curie : compiler : mpif90, libnetcf et libnetcdff sont dans la même librairie

#8 Updated by Nicolas marsac almost 4 years ago

Je pense avoir trouvé, en tous cas, ça compile sans erreurs :-)

Il a fallu que je compile hdf5 puis netcdf avec le compilo intel mpi.
L'erreur de référence indéfinie viennait de là, les fonctions en question étant spécifiques à la lib mpi intel.
Jusqu'à présent j'avais recompilé que la netcdf avec Intel, et je linkais la lib hdf5 complié GNU ...

Donc voici la marche à suivre pour que la compilation aille jusqu'au bout :

module load intel/compiler/2017.0.098 netcdf-intel-fortran/4.4.4 netcdf-intel/4.4.1.1

Dans le makefile (en fichier joint) :

COMPILER=mpiifort

FC_WS = mpiifort
CDF_DIR = /opt/netcdf-intel-fortran/4.4.4
INC_CDF = $(CDF_DIR)/include
LIB_CDF = $(CDF_DIR)/lib
LIB_CDFn = /opt/netcdf-intel/4.4.1.1/lib
INC_CDFn = /opt/netcdf-intel/4.4.1.1/include

quiet_plasma: compo_0 compo_1 compo_2 compo_3 compo_4
cd $(OBJ_DIR) ;\
$(FC) $(FFLAGS) -o $@ $(OBJECTS) -lnetcdff -lnetcdf
@mv $(OBJ_DIR)/quiet_plasma $(HERE)/. 2> /dev/null

Voila,

#9 Updated by Clément Moissard almost 4 years ago

En effet, ça compile sans erreurs !

Génial !

Merci Nicolas !!

#10 Updated by Nicolas marsac almost 4 years ago

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#11 Updated by Nicolas marsac almost 4 years ago

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#12 Updated by Nicolas Aunai over 3 years ago

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